琼脂糖凝胶是以琼脂糖为支持介质制备的凝胶。琼脂糖分为一般琼脂糖和经化学修饰后熔点降低的低熔点琼脂 糖，琼脂糖的熔点在62〜65°C之间，融化后在37°C下可维持液态数小时，30°C时凝固成胶。多用于对染色体DNA在凝胶内进行原位酶切及DNA片段回收。琼脂糖凝胶 由于孔径大常用于大分子蛋白质、DNA的分离。

基本结构：
琼脂糖凝胶是依靠糖链之间的次级链如氢键来维持网状结构，网状结构的疏密依靠琼脂糖的浓度。一般情况下，它的结构是稳定的，可以在许多条件下使用（如水，pH4-9范围内的盐溶液）。琼脂糖凝胶在40℃以上开始融化，也不能高压消毒，可用化学灭菌活处理。
琼脂糖 Agarose，缩写为AG，是琼脂中不带电荷的中性组成成份，也译为琼胶素或琼胶糖。琼脂糖化学结构由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基单位构成.

作用：
制成的小颗粒用于凝胶过滤。适于用sephadex不能分级分离的大分子的凝胶过滤，若使用5%以下浓度的凝胶，也能够分级分离细胞颗粒、病毒等。利用其吸附性小的特点，有时用它代替琼脂、以作为免疫电泳或凝胶内沉降反应的支持物。