琼脂糖（Agarose）是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体，提取自琼脂或者含琼脂的海藻，结构上是一种线性聚合物，由β-D-吡喃半乳糖（1-4）连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。作为一种凝胶试剂，常用于通过凝胶电泳或者印迹法（如Northern或Southern）来进行日常核酸分析，也适用于蛋白应用，如辐射状免疫扩散（RID）实验。

琼脂糖的基本参数，包括：

1）硫酸盐含量（sulfate content）——纯度指标，因为硫酸根是存在琼脂糖内的主要离子基团；

2）凝胶强度（gel strength）——施加于凝胶使之断裂的外力；

3）胶凝点（Gel point）——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度。液体向凝胶转化的过程中，琼脂糖溶液具有滞后性，因此，胶凝点不等同于胶熔点。

4）电渗（EEO）——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移，但是解离的阳离子就会朝负极迁移，从而产生电渗。由于生物聚合物的电泳迁移通常是朝负极运动，则EEO产生的内部对流会干扰分离效率。

琼脂糖是一种有机物，化学式C24H38O19，是一种白色或黄色珠状凝胶颗粒或粉末，为线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳糖和1,4连结的3,6-内醚-L-半乳糖交替连接起来的长链。
琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。

性能：
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度）。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗（EEO），电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。这也就是琼脂糖比琼脂贵那么多的原因了。
1937年荒木第一次从琼脂中分离出琼脂糖，但直到1961年Hjertin首先发现了琼脂糖优异的使用性能后才引起了越来越多的关注，并开始工业生产。琼脂糖广泛应用于临床化验、生化分析和生物大分子物质的分离等领域。

用途：
琼脂、琼脂糖因为有特殊的胶凝性质，尤其有显著的稳固性、滞度和滞后性，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应；已经广泛使用于食用、医药、化工、纺织、国防等领域，据不完全统计，琼脂、琼脂糖的用途已有1000多种，被国际上称为“新奇的东亚产品”。在食品工业中可用于生产：水晶软糖、定型软糖、水产品、肉类罐头、果汁饮料、果肉饮料、米酒饮料、乳品饮料、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又广泛用于生物分离介质的生产。