电泳缓冲液是核酸、蛋白质凝胶电泳系统的一个重要组成， 是电泳场中的导体，也是维持电泳系统恒定 pH值的必要条件。常见的核酸电泳缓冲液有:TAE、TBE、TPE和MOPS等。


电泳缓冲液的特点：
1.TAE是使用最广泛的缓冲系统。其特点是超螺旋在其中电泳时更符合实际相对分子质量(TBE中电泳时测出的相对分子质量会大于实际分子质量)，且双链线状DNA在其中的迁移率较其他两种缓冲液快约10%，电泳大于13kb的片段时用TAE缓冲液将取得更好的分离效果，此外，回收DNA片段时也易用TAE缓冲系统进行电泳。TAE的缺点是缓冲容量小，长时间电泳(如过夜)不可选用，除非有循环装置使两极的缓冲液得到交换。


2.TBE的特点是缓冲能力强，长时间电泳时可选用TBE，并且当用于电泳小于1kb的片段时分离效果更好。TBE用于琼脂糖凝胶时易造成高电渗作用，并且因与琼脂糖相互作用生成非共价结合的四羟基硼/酸盐复合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收电泳中使用。


3.TPE的缓冲能力也较强，但由于磷酸盐易在乙醇沉淀过程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的电泳中使用。


电泳缓冲液的作用：
1.缓冲液在电泳过程中的一个作用是维持合适的pH。电泳时阳极与阴极都会发生电解反应，阳极发生的是氧化反应(4OH--4e->2H2O+O2)，阴极发生的是还原反应(4H++4e->2H2)，长时间的电泳将使阳极变酸，阴极变碱。一个好的缓冲系统应有较强的缓冲能力，使溶液两极的pH保持基本不变。


2.电泳缓冲液的另一个作用是使溶液具有一定的导电性，以利于DNA分子的迁移，例如，一般电泳缓冲液中应含有0.01-0.04mol/L的Na+离子，Na+离子的浓度太低时电泳速度变慢;太高时就会造成过大的电流使胶发热甚至熔化。


3.电泳缓冲液还有一个组分是EDTA，加入浓度为1-2mmol/L，目的是螯合Mg2+ 等离子，防止电泳时激活 DNA酶，此外还可防止Mg2+离子与核酸生成沉淀。