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PCR技术是什么
来源于:开云体官网入口·(中国),浙江联硕生物科技有限公司 | 发布时间:2023/4/25 17:06:00

一、PCR是什么

聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA(或RNA)片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。

PCR(聚合酶链式反应)是利用DNA在体外摄氏95°高温时变性会变成单链,低温(经常是60°C左右)时引物与单链按碱基互补配对的原则结合,再调温度至DNA聚合酶最适反应温度(72°C左右),DNA聚合酶沿着磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互补链。基于聚合酶制造的PCR仪实际就是一个温控设备,能在变性温度,复性温度,延伸温度之间很好地进行控制。

二、PCR原理

基本反应原理

从专业的角度来说,PCR 由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:

1模板 DNA 的变性:模板 DNA 经加热至 94℃ 左右一定时间后,使模板 DNA 双链或经 PCR 扩增形成的双链 DNA 解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应做准备;

2模板 DNA 与引物的退火 (复性):模板 DNA 经加热变性成单链后,温度降至 55℃ 左右,引物与模板 DNA 单链的互补序列配对结合;

3引物的延伸:DNA 模板--引物结合物在 Taq 酶的作用下,以 dNTP 为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板 DNA 链互补的半保留复制链。

重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的「半保留复制链」,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需 2~4 分钟, 2~3 小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

三、PCR的基本反应步骤

1.引物的设计:

引物需要自己查找文献或者自己设计,然后交给合适的生物公司来帮我们合成,合成引物,每管装1OD。拿到引物后需要加水溶解,但是因为引物是看不见的,所以为了防止溶解过程中引物的丢失,拿到引物后最好先高速离心(10000rpm, 4°C离心2min)再进行加水溶解(ddH2O)。水的体积按引物浓度稀释100倍,溶解好的引物用小管分装,每管装50μl即可,分装后放-20°C保存。

2.制作模板:

模板的制作可以直接借助试剂盒,一般情况下Trizol的试剂可以完全满足需要,直接按照试剂盒提示来做就可以了。

3.建立体系、上机:

PCR需要用到的DNA聚合酶、buffer、dNTPs。而经常用的DNA聚合酶有Taq酶,买的同时会附送10×buffer(主要成分是KCl、Tris-HCl和MgCl2,有些还有(NH4)2SO4)。做PCR之前要提醒大家一点,不是所有的PCR都用同样的反应体系的,也就是说PCR体系里用到的试剂除了10×Taq Buffer以外,其它其实都是需要摸条件的,但是按大多数情况来说,需要调整的并不多,可能需要调整的主要试剂是MgCl2(其实是要调整Mg2+的浓度);可能需要控制的条件主要是退火温度。

4.跑胶验证:

在电泳之前,需要进行凝胶的配制,凝胶液配制的过程并不复杂,先用天平称取适量的琼脂糖粉末,加入到一定体积的1×TAE(Tris、乙酸、EDTA)缓冲液中,微波炉加热至沸腾,拿出来摇匀,帮助粉末溶解,反复沸腾多次直到粉末完全溶解。待溶液不烫手,将核酸染料加入溶液中摇匀,接着将溶液趁热倒到做胶的凝胶板上,插上梳子(用来预留加样孔),等半小时左右胶凝固拔下梳子,连胶带板一起放到电泳槽中,加电泳液至完全淹没整块凝胶(电泳槽中的电泳液也用1×TAE缓冲液)。然后将loading buffer与样品混合,加入到凝胶小空(“梳子”形成的洞)中,DNA maker作为对照,同样加入到筛孔中,然后插上电源开始跑胶就可以了,凝胶上有颜色的有两条带,等到前面的蓝色带跑到整块胶的2/3处停止电泳(断电),然后把胶拿出来,放到紫外光下观察条带。


四、常见的实验设计问题

1、如何查找引物?

引物设计/查找非常关键,引物的好坏很大程度上决定了PCR实验的成功与否,引物的序列可以从文献中查找,找到序列以后,还是要用软件(如Primer软件)比对一下,碱基是不是每个都正确。

2、退火温度如何设置?

通常情况下,可以尝试用两条引物中较低的Tm值减去5℃来作为退火温度,但是这种方法有时候会不适用,在不适用的情况下可以考虑做12个退火温度,这样试下去,总会找到合适的退火温度。

3、如何确定我设置的PCR的体系是正确的呢?

做PCR的时候需要同时做个内参基因(如b-actin),因为内参基因是肯定会表达的,如果内参能做出来,证明PCR体系是没有问题的,以此来做个质控。

4、凝胶制作时需要注意些什么?

凝胶中一个需要注意的问题就是琼脂糖的浓度,这部分参数是根据目的片段的大小选择的,一般500bp以下选择1.2%-1.5%(质量体积比)500bp-10kb可以选择0.8%-1%,分子量再高的话琼脂糖浓度就再低点,具体浓度可以摸一下条件。

五、实际的实验过程中需要注意的问题

1、如何确定引物的浓度?

前面我们说到,引物一般交由试剂公司合成,有时候具体的浓度我们也不能确定。有些人喜欢稀释十倍,有些人喜欢稀释二十倍。我个人认为比较稳妥的做法是在每次拿到反转的 cDNA 后,先会稀释 3 倍左右,然后利用管家基因做一次 RT-PCR,循环数一般为 25 循环,鉴定一下具体浓度,再决定最后的稀释倍数。

2、合成的引物是我们想要的引物吗?

一般来说在拿到很多引物的时候,可以通过普通的 PCR 看看是否是单一条带,鉴定一下引物的特异性。如果实验室不差钱,则可以通过溶解曲线对所有的引物的特异性做一次鉴定。

3、操作过程中需要注意哪些问题?

一定要戴手套,戴手套,戴手套,重要的事情说三遍。根据经验,少量模板的加入,容易造成加样误差。所以为了尽量减少加入少量模板造成的误差,我们一般会将样本再稀释一倍,加样的时候多加一倍,减少 H2O 的加入量。

4、你确定你的 PCR 板和仪器配套吗?

如果你用的是 BIO-RAD 公司的定量 PCR 仪器,那么你一定要买配套该仪器的 qRT-PCR 板。因为不兼容的 PCR 板会导致结果偏差。这种状况实验小白尤其需要注意。

5、凝胶放入电泳槽有什么注意事项吗?

凝胶放入电泳槽时一定要注意方向,核酸是带负电的,所以电泳的方向是从负极向正极跑,因此,加样孔一定要对着负极放置,不然样本就跑到胶外面去了。

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